Un 'hack' rápido sería comparar el valor binario de las cadenas:
where CONVERT(varbinary, 'A') = CONVERT(varbinary, 'a')
-- de forma genérica:
-- where CONVERT(varbinary, columna) = CONVERT(varbinary, 'Cadena')
A nivel de configuración de SQL Server, la opción COLLATION por defecto de la instalación no distingue mayúsculas de minúsculas. Supongamos que tu instalación se hizo con la opción:
SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS
CI significa 'Case Insensitive'
Entonces, se podría especificar una opción 'case sensitive' en la consulta, como
por ejemplo: Latin1_General_CS_AS
where 'A' COLLATE Latin1_General_CS_AS = 'a'
-- de forma genérica:
-- where columna COLLATE Latin1_General_CS_AS = 'Cadena'
O incluso modificar la tabla:
ALTER TABLE tabla
ALTER COLUMN columna VARCHAR(100) COLLATE Latin1_General_CS_AS
(Te aconsejaría leer sobre las opciones para conocer cuál es la adecuada en tu caso, porque mi conocimiento de este tema es muy básico)
Saludos