Me contesto a mí mismo, El problema de todo esto era mi plugin de subversion. El plugin que utilizaba, una versión algo antigua de subversive, estaba corrupto, y me además del tema del parche me empezó a dar un montón de problemas al comparar ficheros entre varias ramas, nunca desde local, por eso no lo había visto nadie. LÑa solución, pues fácil rápido y para toda la familia, actualicé el plugin de subversive a la última versión y listo, todo va perfecto.
Por cierto, gracias Rafa por el artículo, desde línea de comandos sí que me dejaba hacer el parche a partir del .diff, pero la idea era utilizar el plugin, porque nos viene impuesto desde arriba, ya que la línea de comandos es una gran desconocida para según que personas.
Gracias por leerme, un saludo!