Hola Guillermo,
No estoy acostumbrado a trabajar con SQL Server, y no se si funcionará igual que en Oracle, pero en Oracle las tablas, vistas, procedimientos, etc... pertenecen a un usuario.
Si en SQL Server también es así (con usuario, schema o similar), yo te recomendaría crear en una misma base de datos un usuario/schema de Base de Datos para cada delegación, cada uno con sus tablas (iguales o no), y un usuario para las tablas y procedimientos genéricos (tipos, estados, etc...).
Si pasado un tiempo, al tener más delegaciones y todo centralizado, tuvierais problemas de rendimiento, el separar una delegación solo implicaría hacer un backup de los datos del usuario y los datos genéricos e importarlos en otro equipo.
Esta configuración también te permitiría que en caso de querer tener una base de datos por delegación, en la central pudierais tener los datos de las delegaciones en una sola base de datos, importando únicamente los datos de este usuario.
Saludos,
Ricardo